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解析：X染色体和Y染色体的形态、大小存在差异，因此对果蝇的基因组进行测序时，需要测5条染色体(3条常染色体十X染色体十Y染色体)，A项正确；图中雄蝇的基因型可写成DdXY,该果蝇经减数分裂可以产生4种配子，即DXa、dY、DY、dXa,B项正确；若这一对雌雄果蝇交配(DdXXa X DdXaY),F1的红眼长翅雌蝇的基因型为D-XAX8,为杂合子的概率是1，C项错误；若仅考虑果蝇的翅型遗传，F1的长翅果蝇(1/3DD、2/3Dd)产生的配子D占2/3，d占1/3，让F1的长翅果蝇自由交配，则F2中基因型为DD的个体占(2/3)×(2/3)=4/9，基因型为Dd的个体占(2/3)×(1/3)×2=4/9，其中长翅果蝇中纯合子所占的比例为1/2，D项错误。答案：CD
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